Відповідно до п. 2.1 Інструкції № 105/309 платниками збору за геологорозвідувальні роботи є всі надро-користувачі незалежно від форми власності, включаючи підприємства з іноземними інвестиціями, які видобувають корисні копалини на розташованих у межах території України, її континентального шельфу та виключної (морської) економічної зони родовищах:
Згідно з п. 2.2 Інструкції № 105/309 якщо до складу підприємства-надрокористувача входять структурні підрозділи, які не мають статусу юридичної особи та здійснюють видобуток корисних копалин (шахти, рудники, кар'єри, цехи тощо), то платником збору є підприємство-надрокористувач, до складу якого входять такі структурні підрозділи.
Відповідно до п. 6.3 Інструкції № 105/309 підприємство-надрокористувач, до складу якого входять структурні підрозділи, які не мають статусу юридичної особи та здійснюють видобуток корисних копалин (шахти, рудники, кар'єри, цехи тощо), складає розрахунки і сплачує збір у розрізі цих підрозділів та подає їх до органів державної податкової служби за місцем своєї реєстрації у терміни, визначені відповідно пунктами 6.2 та 6.5 цієї Інструкції.
Надрокористувач, який перебуває на податковому обліку в органах державної податкової служби іншого району (міста), ніж місцезнаходження родовища корисних копалин, що ним експлуатується, протягом 40 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу, додатково подає (надсилає) до органу державної податкової служби, в якому його зареєстровано, копію розрахунку збору за геологорозвідувальні роботи з позначкою органу державної податкової служби, який прийняв оригінал розрахунку (п. 6.4 Інструкції № 105/309).
Слід зазначити, що за рішенням нафтогазовидобувного підприємства розрахунок збору до органів державної податкової служби можуть подавати безпосередньо його філії, які мають поточні рахунки, за місцем податкової реєстрації таких філій.
Згідно з п. 6.5 Інструкції № 105/309 сума збору в повному обсязі, обчислена відповідно до розрахунку за звітний (податковий) квартал (з урахуванням фактично внесених авансових платежів за цей квартал), сплачується протягом 10 календарних днів, наступних за останнім днем граничного строку подання розрахунку збору (тобто протягом 50 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу), за місцем податкової реєстрації платника (місцем перебування на податковому обліку в органах державної податкової служби).
За рішенням нафтогазовидобувного підприємства збір можуть вносити безпосередньо його філії, які мають поточні рахунки, за місцем податкової реєстрації таких філій.
Збір за геологорозвідувальні роботи в повному обсязі зараховується до державного бюджету на рахунок, відкритий відповідно до коду бюджетної класифікації (п. 6.6 Інструкції № 105/309).